O município de Santa Cruz das Flores situa-se na parte norte da Ilha das Flores, sendo limitado a sul pelo município das Lajes das Flores. A Ilha do Corvo fica a uma distância de 15 milhas marítimas. A sede do município, o principal centro urbano da ilha, é a vila de Santa Cruz das Flores. Dispõe de um aeroporto - o Aeroporto das Flores.
O município é formado por 4 freguesias:
- Caveira
- Cedros (Flores)
- Ponta Delgada (Flores)
- Santa Cruz das Flores