A história da freguesia começa com a pequena Ermida de São Pedro, erguida no século XVI, no lugar das Pedras de São Pedro. Gaspar Frutuoso a refere como uma das quatro ermidas existentes "acima da Vila do Porto", "mais adiante pelo caminho" da Igreja de Santo Antão. Por volta de 1603, na visita pastoral do então bispo de Angra, D. Jerónimo Teixeira Cabral, foi constituída a Paróquia de São Pedro, e confirmada em 1611 por Filipe II de Portugal. Foi seu primeiro vigário, o padre Paulo Andrade Velho. A cruz processional, em prata lavrada, foi uma oferta do rei.
Conforme informação de Manuel Monteiro Velho Arruda, existe no Arquivo Nac. Torre do Tombo, uma carta de Filipe III de Portugal, datada de 4 de abril de 1623, atendendo a pedido do vigário e fregueses de São Pedro, autorizando o lançamento de uma finta para as obras nela declaradas necessárias, por ocasião da visita pastoral do bispo de Angra, D. Pedro da Costa. Até [1698], esta primitiva ermida foi sede de paróquia. Nesse ano, devido ao crescimento da população, levantou-se um novo templo, de maiores dimensões, e em local mais central, no lugar da Rosa Alta. O novo terreno foi adquirido a Belchior Luís Velho, com o recurso ao dinheiro de esmolas e a um empréstimo. A nova igreja apresentava apenas uma nave, tendo a respetiva capela-mor um arco de grande valor artístico, forrado de talha e com as Armas Reais portuguesas. A atual feição do templo remonta à campanha de obras empreendida na segunda metade da década de 1950 pelo então pároco padre Agostinho de Almeida.