A Base francesa de rastreio de mísseis balísticos foi instalado na Iha das Flores, Açores, destinado à deteção e estudo das trajetórias de mísseis balísticos de médio alcance (aprox. 3 000 km) disparados a partir do Centre d'Essais des Landes, em Biscarosse, França, ou de submarinos ou navios navegando nas águas próximas da Bretanha, França, com trajetórias sobre o Atlântico. O acordo que permitiu a instalação da Base Francesa das Flores, geralmente denominado por Acordo Luso-Francês de 1964, foi assinado a 7 de Abril de 1964. A base foi inaugurada em Outubro de 1966. A base militar era uma estação de telemetria anexa ao Centre d'Essais des Landes, funcionando em conjunto com meios aeronavais deslocados para a zona do Atlântico próximo ao ponto de queda dos projéteis. Encerrou em 1993, um ano depois de ter entrado ao serviço o navio de seguimento de trajectórias balísticas Monje, que a tornou obsoleta.
Foi anunciada publicamente por Franco Nogueira, então Ministro dos Negócios Estrangeiros, numa conferência de imprensa em 1964. Um observador à época considerou que este surpreendente anúncio apanhou a audiência desprevenida, produziu o máximo impato, e reforçou dramaticamente a imagem pública de um Portugal aproximando-se cada vez mais de aliados importantes. Na altura, face ao crescente isolamento provocado pela não aceitação pelos aliados ocidentais da Ditadura de Salazar e pela nascente Guerra Colonial, esta imagem de aproximação era importante para o regime.
A Base Francesa das Flores funcionou ao abrigo de um conjunto de acordos entre a República Portuguesa e a República Francesa, oficialmente denominados Acordo para o fornecimento à República Francesa de certas facilidades no arquipélago dos Açores, geralmente denominado por Acordo Luso-Francês de 7 de Abril de 1964. Os acordos foram ratificados pelos seguintes diplomas:
- Decreto-Lei n.º 45885, de 24 de Agosto de 1964 — Autoriza o Governo, pelo Ministro das Finanças, a celebrar oportunamente um acordo financeiro com as autoridades francesas, destinado a dar execução ao acordo firmado entre os Governos de Portugal e da França, pelo qual são concedidas a este país determinadas facilidades nos Açores e define o regime administrativo em que se realizarão as despesas inerentes ao mesmo acordo;
- Decreto-Lei n.º 46189, de 16 de Fevereiro de 1965 — Define as condições em que fica autorizado o Ministério das Obras Públicas a executar até ao fim do ano de 1966, na Ilha das Flores, diversos empreendimentos relacionados com o estabelecimento naquela ilha da estação de observação terrestre prevista no acordo luso-francês;
- Decreto-Lei n.º 47341, de 24 de Novembro de 1966 — Eleva à categoria de Capitania, com a mesma área de jurisdição marítima, a Delegação Marítima do Porto de Santa Cruz das Flores (Açores), fixa a respetiva lotação e altera os mapas A e B anexos ao Decreto n.º 9704 e o mapa anexo ao Decreto n.º 19401;
- Decreto-Lei n.º 48158, de 29 de Dezembro de 1969 — Prorroga até 30 de Junho de 1969 o prazo de realização de empreendimentos relacionados com o estabelecimento na Ilha das Flores da estação de observação terrestre prevista no Acordo Luso-Francês, fixado no artigo 1.º do Decreto-Lei n.º 46189;
- Resolução do Conselho da Revolução n.º 124/77, de 4 de Junho — Aprova o Acordo Geral entre o Governo Português e o Governo Francês Respeitante à Utilização pela França de Certas Facilidades no arquipélago dos Açores, assinado em Lisboa em 24 de Fevereiro de 1977, cujo texto em português está anexo;
- Resolução da Assembleia da República n.º 21/85, de 18 de Setembro — Aprova para ratificação o Acordo entre a República Portuguesa e a República Francesa respeitante à utilização pela República Francesa de certas facilidades na Região Autónoma dos Açores, assinado em Lisboa em 3 de Abril de 1984, cujos textos em português e francês foram publicados em anexo;
- Resolução da Assembleia da República n.º 36/95, de 4 de Agosto — Aprova o Acordo Relativo à Modificação do Acordo entre a República Portuguesa e a República Francesa, assinado em Lisboa a 3 de Abril de 1984, Respeitante à Utilização pela República Francesa de Certas Facilidades na Região Autónoma dos Açores fixado no Acordo Relativo à Modificação do Acordo entre a República Portuguesa e a República Francesa, assinado em Lisboa a 3 de Abril de 1984, Respeitante à Utilização pela República Francesa de Certas Facilidades na Região Autónoma dos Açores, assinado em Lisboa a 10 de Setembro de 1993, cuja versão autêntica nas línguas portuguesa e francesa foi publicada em anexo. Este acordo aprovou a extinção da Base;
- Lei n.º 32/96, de 16 de Agosto, que fixa a atribuição de pensão extraordinária aos trabalhadores abrangidos por acordos internacionais na Região Autónoma dos Açores;
- Decreto Legislativo Regional n.º 9/97/A, de 3 de Junho, que regulamenta a Lei n.º 32/96, de 16 de Agosto (atribuição de pensão extraordinária aos trabalhadores abrangidos por acordos internacionais na Região Autónoma dos Açores).