O Convento de N. Sra. da Esperança foi o primeiro convento de freiras que se erigiu em Ponta Delgada. A sua construção foi iniciada em vida do seu fundador, o Capitão-do- Donatário Rui Gonçalves da Câmara II que, depois do sismo de 20 de outubro de 1522, que arrasou Vila Franca do Campo, passou a residir em Ponta Delgada que já era vila desde 1499.
Sua mulher, D. Filipa Coutinho coadjuvada por vários fidalgos, conseguiu concluir as obras, interrompidas ao tempo da morte do fundador ocorrida em 20 de outubro de 1535. Foi em 23 de abril de 1540 que as freiras deixaram o Convento da Caloura, trazendo a Imagem do Senhor Santo Cristo, e vieram habitar o Convento da Esperança.
Na segunda metade do século XVII, o Convento da Esperança começou a beneficiar de grandes melhoramentos: os célebres azulejos que ainda hoje se encontram no coro baixo, são da autoria de António de Oliveira Bernardes; a talha da capela do coro baixo é atribuída a Miguel Romeiro que, em sonhos, a ideara; a decoração do teto da igreja e da primitiva talha da capela-mor e dos altares laterais foi realizada, em 1658, pelo pintor micaelense Manuel Pinheiro Moreira, irmão da Ordem Terceira de S. Francisco, em Ponta Delgada, e professor de pintura de suas próprias filhas.
No ano de 1723, havia no convento 102 freiras e 57 noviças, pupilas e servas. Em 1821, a população do convento era de 108 senhoras - 42 freiras professas, 36 seculares sem dispensa e 30 fâmulas. Em 1865, havia 72 senhoras, sendo 9 religiosas do Convento da N. Sra. da Esperança, 11 do Convento da Conceição, uma do Convento de S. João, uma do Convento do Bom Jesus da Ribeira Grande, uma do Convento de Santo André de Vila Franca do Campo, 16 meninas que serviam no coro, uma secular, duas senhoras que não faziam serviço, vinte e uma servas da comunidade e onze servas particulares.
As Religiosas de Maria Imaculada foram o quarto instituto a ocupar o Convento de N. Sra. da Esperança. A última religiosa clarissa, a Madre Abadessa Maria Vicência Cabral, faleceu em dezembro de 1894. Já então havia recolhidas que vestiam hábito e continuavam os usos conventuais, não obstante os reparos da imprensa periódica, ainda presa aos decretos anti monásticos de maio de 1832.
Com o Bispo D. António Meireles, vieram as Visitandinas, a que sucedeu a Congregação de S. José de Cluny. Constituído o seu colégio, conforme risco do arquiteto micaelense João Rebelo, na Rua Agostinho Pacheco, coube às Religiosas de Maria Imaculada ocupar o convento, em cuja recuperação trabalharam como operárias. As religiosas clunicenses confiaram à micaelense Madre Maria do Carmo o cuidado da Capela do Senhor Santo Cristo.
As religiosas de Maria Imaculada, que ocupam atualmente o lugar das antigas Clarissas, ali presentes de 1541 a 1894, têm sido extremamente atentas ao significado espiritual do convento e têm dado aos reitores do Santuário Menor do Senhor Santo Cristo uma excelente cooperação. Em 22 de abril de 1959, o então Bispo de Angra, D. Manuel Afonso de Carvalho, declarou a Igreja do Senhor Santo Cristo como Santuário Diocesano.