O arquipélago pertence a região biogeográfica da Macaronésia. Em termos da biodiversidade, foram identificadas 702 espécies exóticas de flora, das quais 36 com caráter invasor. Em termos de fauna, estão inventariadas 47 espécies exóticas, distinguindo-se 5 espécies invasoras, destacando-se nestas últimas o Escaravelho-japonês. No conjunto, estão protegidas 115 espécies, das quais 215 são espécies ameaçadas. As ilhas dos Açores foram palco do nascimento de algumas sub-espécies que derivavam das originais ao adaptarem-se às condições particulares que lhes ofereciam as ilhas.
Nos Açores, a Rede Natura 2000 engloba presentemente 38 locais, com uma área aproximada de 45,5 mil hetares, enquanto as áreas protegidas se distribuem por 31 locais, ocupando uma área de 68,4 mil hetares. Estão definidos 23 SIC - Sítios de Importância Comunitária e 15 ZPE - Zonas de Proteção Especial. Foram classificadas como Reservas da Bioesfera as ilhas do Corvo, das Flores, Graciosa e a Crista Média-Atlântica. A Paisagem Protegida da Cultura da Vinha e do Vinho, na Ilha do Pico, foi ainda classificada como Património da Humanidade
Flora dos Açores
No arquipélago, podem encontrar-se cerca de 60 espécies endémicas de plantas, arbustos e árvores. As condições particulares que lá se podem encontrar proporcionaram que tais espécies ou derivações de espécies fossem lá exclusivas. Nestas incluem-se o louro, o queiró, a urze, a faia-das-ilhas e o cedro-das-ilhas. O cedro-das-ilhas, que em outros locais não é mais do que um arbusto, nos Açores tornam-se árvores de maior porte e inclusive de madeira comercializável. Outras como a acácia e a criptoméria, ganharam uma importância comercial de relevo, inclusive como produto de Exportação. Cerca de 700 espécies foram sendo introduzidas nas ilhas ao longo dos séculos, com fins comerciais e com fins decorativos / estéticos. O clima das ilhas permitiu que muitas destas espécies se desenvolvesem fácilmente. Acrescentam um encanto especial às ilhas - as hortênsias, camélias ou as azáleas, que são usadas como divisões naturais de propriedades, como quebra-ventos ou para bordadura das estradas. Nas zonas mais remotas das ilhas, temos o mogno, o louro, o sanguinho entre outras.
Fauna dos Açores
Atualmente não se pode dizer que hajam nos Açores espécies endémicas no sentido estrito do termo, ou seja, espécies das quais se possa afirmar serem originárias do arquipélago. Todavia algumas espécies que foram sendo introduzidas nos Açores acabaram por se desenvolver de uma forma única, sobretudo em termos de coloração e dimensão, tornando-se assim em sub-espécies específicas do arquipélago (Painho-de-Monteiro, na Ilha Graciosa).
Estando situadas numa posição óptima nos cursos migratórios de muitas aves que voam de norte a sul, de este a oeste, atravessando o Atlântico Nordeste, estas aves encontram nos Açores um ponto seguro de descanso, nidificação e reprodução. Muitas nidificam nas falésias junto ao mar, nos ilhéus, junto às lagoas ou até nas zonas mais remotas do interior das ilhas.
Entre as espécies de aves que se conseguiram adaptar bem ao arquipélago contam-se também o milhafre, o corvo, o canário-da-terra, o pombo-da-rocha, o pombo-torcaz, o cagarro, o garajau, ... O priolo, uma pequena ave que outrora se julgou estar extinta, foi redescoberta no seu habitat natural dos Açores, a Serra da Tronqueira, na Ilha de São Miguel, e é hoje uma das espécies mais arduamente protegidas. O coelho selvagem é bastante comum, sendo considerado inclusive uma espécie de caça desportiva.
Não existem nas ilhas animais selvagens e nem serpentes venenosas. Na fauna marinha, deverá ter cuidado com contato acidental com os tentáculos das medusas (vulgo alforrecas, água-vivas, ...), em particular, com a perigosa Caravela-portuguesa (Physalia physalis), vulgo garrafa-azul. Ao contrário do que se pensa, não é um animal, mas uma colónia de pólipos da classe hydrozoa. A bela coloração arroxeada e seu curioso formato torna muito interessante a sua observação, mas o contato direto com seus tentáculos além de representar um perigo potencial é muito doloroso. Sua presença não preocupa os cientistas, mas a frequência e persistência da espécie é sinal de problemas nos ecossistemas.
Nas ribeiras e lagoas, encontra-se algumas espécies de trutas desde a truta-comum à truta-arco-íris, percas, carpas e lúcios. São espécies que não só entram nos roteiros de pesca desportiva como nos roteiros gastronómicos.
Uma espécie que merece um destaque especial é o Cão-de-fila de São Miguel, que é hoje uma raça de cão de vigia reconhecida nacional e internacionalmente. É um cão extremamente inteligente, leal, resistente e trabalhador, cuja função principal tem sido tradicionalmente manter a vigia e a guarda do gado das ilhas. São uma raça aprovada pelo Clube Canino Português desde 1984.
No mar dos Açores pode encontrar-se o peixe-espada, espadarte (xiphias gladius), tubarões de diversas espécies, o atum, o bonito, a enguia, moreia e o chicharro (carapau). É também frequente ver o peixe-voador.
São propostas 40 espécies de tubarões nos mares dos Açores, embora dessas apenas 34 estejam realmente confirmadas para os Açores. Podemos dividir os tubarões dos Açores em dois grandes grupos: espécies pelágicas e de profundidade.
A pesca acidental de tubarões pode colocar em perigo algumas espécies existentes nos mares dos Açores. O tubarão-raposa (alopias superciliosus) e a tintureira ou tubarão-azul (prionace glauca), são as espécies mais capturadas pela pesca acidental nos Açores por palangreiros que se dedicam à pesca do espadarte. No que se refere à pesca que tem como objetivo a captura de tubarões e raias, as espécies mais afetadas são cação (galeorhinus galeus) e a gata-lixa (dalatias licha), enquanto as raias são das espécies raja clavata e raja maderensis.
Os cachalotes, baleias, golfinhos são os cetáceos que mais frequente se pode observar nos Açores. Das baleias com dentes (odontocetos) também se observa a baleia bico-de-garrafa boreal, a baleia-piloto, a orca e a baleia-de-bico-de-Sowerby. Os golfinhos também se avistam regularmente nos mares dos Açores. Destes, o golfinho comun, o golfinho bico-de-garafa do Atlântico Norte, golfinho de risso, golfinho pintado e golfinho riscado são os mais avistados.
Tubarão-baleia (Rhincodon typus), vulgo Pintado, é o maior peixe conhecido em todo o mundo, possivelmente atingindo os 18 metros. É inofensivo para o homem e muitas vezes permite a deslocação de mergulhadores no seu dorso. Nos Açores, é procurado pelas embarcações atuneiras dada a agregação de atuns nas proximidades do seu corpo.
Na prática de snorkelling, pode ver-se uma grande variedade de espécies: cavala, peixe-porco, peixe-escorpião e o peixe-zebra. Ouriços-do-mar, polvos, e estrelas-do-mar são abundantes nestas áreas. Com um pouco de sorte consegue observar-se outros habitantes destes mares como a tartaruga marítimas, a jamanta, o peixe-lua, o tubarão-baleia, o tubarão-martelo, o tubarão-mako e o peixe-tigre.